華醫管理系統2.0有多重數據加密。 華醫管理系統的數據是安全的，不管它們在本地機器，本地網絡還是互聯網的環境中被傳輸。
無論數據是被輸送，交換還是存儲，它們都被加密。
華醫管理系統2.0，集成了CPU高級加密標准指令集 (AES-NI)的功能，這使得華醫管理系統2.0在硬件的支持下運行速度更快。 如果電腦的CPU不支持高級加密標准指令集 (AES-NI)，華醫管理系統2.0也跑得很快，因為系統內部的算法實行了優化。
AES-NI（高級加密標准指令集），是Intel和AMD在2008年提出來的對微處理器的CPU指令集的擴展。 指令集是為了顯著提高那些執行高級加密標准 (AES) 操作的應用程序的速度。
華醫管理系統2.0數據庫服務器有大量的加密和解密操作，建議數據庫服務器使用AES-NI的CPU。