华医管理系统2.0有多重数据加密。 华医管理系统的数据是安全的，不管它们在本地机器，本地网络还是互联网的环境中被传输。
无论数据是被输送，交换还是存储，它们都被加密。
华医管理系统2.0，集成了CPU高级加密标准指令集 (AES-NI)的功能，这使得华医管理系统2.0在硬件的支持下运行速度更快。 如果电脑的CPU不支持高级加密标准指令集 (AES-NI)，华医管理系统2.0也跑得很快，因为系统内部的算法实行了优化。
AES-NI（高级加密标准指令集），是Intel和AMD在2008年提出来的对微处理器的CPU指令集的扩展。 指令集是为了显著提高那些执行高级加密标准 (AES) 操作的应用程序的速度。
华医管理系统2.0数据库服务器有大量的加密和解密操作，建议数据库服务器使用AES-NI的CPU。